फॉर्च्यून कुकी, या भाग्य बिस्किट, की जड़ें चीन में नहीं बल्कि जापान में हैं। त्सुजिउरा सेनबेई (भाग्य बिस्किट) 19वीं सदी से शिंटो मंदिरों के पास बेचे जाते थे, खासकर क्योटो के फुशिमी इलाके में। ये बिस्किट आधुनिक फॉर्च्यून कुकीज़ से बड़े और गहरे रंग के होते थे, और इनमें ओमिकुजी नामक कागज़ पर लिखी भविष्यवाणियाँ होती थीं। कानागावा विश्वविद्यालय की शोधकर्ता यासुको नाकामाची ने 1878 की जापानी उकियो-ए लकड़ी की छपाई में इन बिस्किटों के संदर्भ खोजे, जो साबित करता है कि अमेरिका की ओर किसी भी प्रवासन से पहले यह परंपरा अच्छी तरह स्थापित थी। 1846 में क्योटो में स्थापित सोहोन्के होग्योकुदो बेकरी आज भी इन फॉर्च्यून कुकी पूर्वजों के हस्तनिर्मित उत्पादन का दावा करती है।
अमेरिका में फॉर्च्यून कुकी का आगमन कई परिवारों के बीच एक गहन बहस का विषय बना हुआ है। सैन फ्रांसिस्को के गोल्डन गेट पार्क में जापानी टी गार्डन के डिज़ाइनर माकोतो हगिवारा ने 1914 के आसपास फॉर्च्यून कुकीज़ परोसना शुरू किया था, जो सुयेइची ओकामुरा की बेनक्योडो बेकरी द्वारा बनाई जाती थीं। दूसरी ओर, लॉस एंजिल्स में हॉन्ग कॉन्ग नूडल कंपनी के संस्थापक डेविड जंग ने दावा किया कि उन्होंने 1918 में इन्हें बेघर लोगों को प्रोत्साहक संदेश बाँटने के लिए बनाया था। 1983 में, सैन फ्रांसिस्को शहर ने एक "ऐतिहासिक समीक्षा अदालत" में आधिकारिक रूप से हगिवारा के पक्ष में फैसला सुनाया, जिससे लॉस एंजिल्स में हंगामा मच गया। संघीय न्यायाधीश डैनियल कॉलिन्स ने यह प्रतीकात्मक फैसला अदालत में ही एक फॉर्च्यून कुकी काटते हुए सुनाया।
द्वितीय विश्व युद्ध एक निर्णायक मोड़ साबित हुआ। 1942 में, राष्ट्रपति रूज़वेल्ट के कार्यकारी आदेश 9066 के कारण 1,20,000 जापानी-अमेरिकियों को नज़रबंदी शिविरों में भेज दिया गया। फॉर्च्यून कुकीज़ बनाने वाली जापानी बेकरियाँ अचानक बंद हो गईं। चीनी-अमेरिकी रेस्तरां मालिकों ने, जिनके प्रतिष्ठानों में लौटते सैनिकों की एशियाई भोजन में रुचि के कारण काफ़ी तेज़ी आई थी, उत्पादन अपने हाथ में ले लिया। इस तरह बिस्किट ने एक संस्कृति से दूसरी संस्कृति में बदलाव किया, बिना अमेरिकी ग्राहकों को पता चले। एक दशक से भी कम समय में, फॉर्च्यून कुकी चीनी-अमेरिकी रेस्तरां में भोजन के अंत का एक प्रतिष्ठित प्रतीक बन गई।
फॉर्च्यून कुकी का औद्योगीकरण वास्तव में 1964 में शुरू हुआ, जब सैन फ्रांसिस्को की लोटस फॉर्च्यून कुकी कंपनी के एडवर्ड लूई ने पहली स्वचालित तह मशीन विकसित की। इससे पहले, हर बिस्किट को चॉपस्टिक से हाथ से मोड़ा जाता था। 1973 में, टैट शिंग वोंग ने ब्रुकलिन में वोंटन फूड इंक. की स्थापना की, जो प्रतिदिन 45 लाख बिस्किट और लगभग 200 कर्मचारियों के साथ दुनिया की सबसे बड़ी उत्पादक बन गई। पूर्व उपाध्यक्ष डोनाल्ड लाउ ने 30 से अधिक वर्षों तक प्रतिदिन 4 से 5 नए संदेश लिखकर अधिकांश फॉर्च्यून संदेश तैयार किए, 2017 में यह स्वीकार करते हुए सेवानिवृत्त हुए कि उनकी "प्रेरणा समाप्त हो गई है"। आज, हर साल 3 अरब से अधिक फॉर्च्यून कुकीज़ का उत्पादन होता है, लगभग सभी संयुक्त राज्य अमेरिका में।
फॉर्च्यून कुकी विरोधाभासी रूप से मुख्य भूमि चीन में पूरी तरह अज्ञात है। 1992 में, हॉन्गकॉन्ग की कंपनी फैंसी फूड्स ने "एक असली अमेरिकी उत्पाद" के नारे के साथ शंघाई और कैंटन में इन्हें पेश करने की कोशिश की, लेकिन यह प्रयोग असफल रहा। लेखिका जेनिफर 8. ली ने अपनी पुस्तक "द फॉर्च्यून कुकी क्रॉनिकल्स" (2008) के लिए 40 चीनी शहरों का दौरा किया लेकिन एक भी नहीं मिला। हालाँकि, बिस्किट वैश्विक हो चुका है: यह ब्राज़ील (biscoito da sorte), फ्रांस, जापान (जहाँ यह अपने अमेरिकी रूप में लौटा) और यहाँ तक कि भारत में भी पाया जाता है। 30 मार्च 2005 को, एक फॉर्च्यून कुकी ने अमेरिकी पावरबॉल के छह में से पाँच नंबरों की "भविष्यवाणी" करके इतिहास रच दिया: उन नंबरों से खेलने वाले 110 लोगों ने प्रत्येक $1,00,000 से $5,00,000 के बीच जीते, जिससे लॉटरी जाँच शुरू हुई जिसने अंततः इसे विशुद्ध संयोग की पुष्टि की।